സ്വഭാവസവിശേഷതകളിൽ വിരുദ്ധ ധ്രുവങ്ങളിലായിരിക്കുമ്പോഴുംസമാനതകളില്ലാത്തതായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയനും കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനുമായുള്ള സൗഹൃദം. പിണറായി കാർക്കശ്യത്തിന്‍റെ രൂപമെങ്കിൽ കോടിയേരി സൗമ്യതയുടെ രൂപം. എന്നാൽ, തന്നെക്കാൾ വലുതായി പാർട്ടിയെ പരിഗണിക്കുന്നതിൽ വിട്ടുവീഴ്ചയില്ലെന്നതിലായിരുന്നു ഇരുവരുടെയും യോജിപ്പ്.
സിപിഎമ്മിൽ എല്ലാക്കാലവും പിണറായിയുടെ പിന്നാലെ അധികാര സ്ഥാനങ്ങളിലേക്ക് കടന്നുവന്ന നേതാവാണ് കോടിയേരി. പിണറായി കണ്ണൂർ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി സ്ഥാനം ഒഴിഞ്ഞതിന് പിന്നാലെ 1990ലാണ് കോടിയേരി കണ്ണൂർ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി പദത്തിലേക്ക് എത്തുന്നത്. സംസ്ഥാനകമ്മിറ്റി, സെക്രട്ടേറിയറ്റ്, കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി, പൊളിറ്റ്ബ്യൂറോ തുടങ്ങിയവയിലെല്ലാം പിണറായിയുടെ പിൻഗാമിയായിരുന്നു കോടിയേരി. ഒടുവിൽ പിണറായി സ്ഥാനമൊഴിഞ്ഞപ്പോൾ 2015 ഫെബ്രുവരിയില്‍ ആലപ്പുഴയില്‍ നടന്ന സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിൽ കോടിയേരി പാർട്ടി സെക്രട്ടറിയുമായി.
1998 മുതൽ ദീർഘകാലം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന പിണറായിയുടെ അതേ പാതയിൽ പാർട്ടി നേതൃത്വത്തിലേക്ക് 2018ലും 2022ലും തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. വി.എസ്. അച്യുതാനന്ദന്‍റെ മന്ത്രിസഭയിൽ ആഭ്യന്തര വകുപ്പു നൽകി രണ്ടാമനാക്കി കോടിയേരിയെ നിയോഗിച്ചതും അന്നു പാർട്ടി സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന പിണറായിയായിരുന്നു. പാർട്ടിയിലെ ഗ്രൂപ്പ് പോരിൽ മറുവശത്തു നിൽക്കുന്ന വിഎസിന്‍റെ നീക്കങ്ങളെ പാർട്ടിക്കും സർക്കാരിനും പരുക്കില്ലാതെ മെരുക്കുകയായിരുന്നു അന്നു കോടിയേരിയുടെ ദൗത്യം. അത് അദ്ദേഹം മികവോടെ പൂർത്തിയാക്കി.
